Kościół parafialny, pw. Św. Stanisława Bpa i M., przed II Wojną światową gromadził wiernych kościoła Ewangelicko – Augsburskiego. Po wojnie został przekazany wiernym Kościoła Rzymskokatolickiego. Na początku funkcjonował jako filia Kościoła św. Ottona w Słupsku, a obsługiwany był przez wspólnotę Salezjanów Księdza Bosko z Główczyc, jako osobne duszpasterstwo prowadzone przez Wikariusza — Administratora (księgi są prowadzone od roku 1952). Parafię erygowano w 25 stycznia 1968 r.
W roku 1961 został zatwierdzony plan przebudowy kościoła. W tamtych czasach kościół był w katastrofalnym stanie. Ściany z muru pruskiego groziły zawaleniem. Prace rozpoczęto w maju 1964 r. Oryginalna pozostała jedynie gotycka wieża z XV w., murowana z cegły i kamienia. Pobłogosławienia kościoła po jego przebudowie dokonał dnia 25 grudnia 1964 r. Inspektor Towarzystwa Salezjańskiego ks. Józef Struś SDB.
W wiernej pamięci parafian pozostaje śp. Ks. Alfred Piotrowicz SDB, inicjator tamtejszej przebudowy i śp. Ks. Józef Żak SDB, który dokończył dzieło oraz przyozdobił świątynię. Jednak powyższe prace odebrały wnętrzu świątyni charakter zabytkowy, a eternitowe pokrycie dachu kościoła kłóci się z zabytkową wieżą.
W 1998 r. Towarzystwo Salezjańskie postanowiło przekazać parafię pod duszpasterską opiekę księży diecezjalnych. Ostatnim pracującym tu salezjaninem był ks. Bogusław Dyś. Jego miejsce zajął kapłan diecezji pelplińskiej ks. Piotr Szuta, który pozostał na urzędzie do swojej śmierci w sierpniu 2017 roku.
W czasie swojej pracy w Stowięcinie ks. Piotr Szuta przystąpił do gruntownej przebudowy i remontu obiektów należących do parafii. Wybudował od podstaw nowe prezbiterium, odrestaurował znajdujące się na strychu plebanii sprzęty liturgiczne: poewangelicką nastawę ołtarzową, epitafium oraz witraże z początku XX w. Korzystając ze środków unijnych ówczesny proboszcz przeprowadził remont wieży kościelnej i naprawił organy.
Do kościoła w Stowięcinie został zakupiony nowy sprzęt i naczynia liturgiczne min. Zamówiono i wykonano ołtarz Matki Boskiej Częstochowskiej, położono posadzkę w prezbiterium, wyposażono zakrystię, w prezbiterium pojawiły się stylizowane stalle.
